Dự án bắt đầu từ năm 2001: vào năm 1999, quyền kiểm soát kênh đào Panama được chuyển giao từ Hoa Kỳ cho chính quyền Panama, đồng thời đặt ra câu hỏi về việc sử dụng mới các vùng lãnh thổ lân cận. Một trong những khu vực - trước đây do căn cứ không quân Mỹ chiếm đóng - đã được phân bổ cho một bảo tàng. Việc xây dựng bắt đầu vào năm 2006, nhưng phải đến đầu tháng 10 này, Biomuseo mới mở cửa cho công chúng - mặc dù chưa hoàn thành: một số hội trường và một thủy cung sẽ chưa sẵn sàng cho đến mùa đông năm 2016.
Với mái nhôm đầy màu sắc, bảo tàng sẽ gợi nhớ đến thiên nhiên sôi động của Panama, mái kim loại của các túp lều địa phương và các cấu trúc lịch sử của cơ sở hạ tầng kênh đào. Nằm trên một bán đảo hẹp nhô ra vịnh, công trình có thể nhìn thấy từ xa và tự nó có thể cho du khách tầm nhìn toàn cảnh thành phố và “miệng” Thái Bình Dương của kênh đào Panama.
Thời gian xây dựng bảo tàng, được người dân địa phương đặt biệt danh là "bảo tàng không bao giờ hoàn thành", cùng với những điều khác, được giải thích là do trình độ thấp của những người xây dựng địa phương. Phần bê tông thô của sàn và tường đã phải đổ lại nhiều lần, phần mái có dung sai 6 mm cũng gặp rất nhiều khó khăn.
Tuy nhiên, bây giờ bảo tàng không chỉ được xây dựng thành công, mà gần như hoàn toàn lấp đầy với triển lãm "Cây cầu của sự sống", được thiết kế bởi Bruce Mau. Viện Smithsonian ở Washington chịu trách nhiệm về mặt khoa học của dự án và Biomuseo trở thành bảo tàng đối tác duy nhất của nó bên ngoài Hoa Kỳ.
Bảo tàng dành riêng cho sự đa dạng tự nhiên tuyệt vời của eo đất Panama: với diện tích 75.000 km2, đây là nơi sinh sống của nhiều loài chim, động vật có vú, bò sát và thực vật hơn cả Hoa Kỳ và Canada cộng lại. Ngoài ra, phần trình bày còn kể chi tiết về quá trình hình thành eo đất, bắt đầu từ 12 triệu năm trước và kết thúc cách đây 3 triệu năm. Sự xuất hiện của nó đã làm thay đổi các hệ sinh thái và khí hậu trên quy mô hành tinh: thay vì một đại dương duy nhất, Đại Tây Dương và Thái Bình Dương rất khác đã xuất hiện, Dòng chảy Vịnh "bắt đầu" từ Biển Caribe đang nổi lên, và Bắc và Nam Mỹ thống nhất lần đầu tiên sau 70 triệu nhiều năm. Một cuộc di cư tích cực của các loài động vật bắt đầu dọc theo eo đất, và tương đối gần đây, 15.000 năm trước, những người đầu tiên đã đi qua tuyến đường này từ bắc vào nam.
Biomuseo, trị giá 95 triệu đô la (chưa tính chi phí của các phòng triển lãm chưa hoàn thiện), được thiết kế chủ yếu cho học sinh (dự kiến đưa 40.000 học sinh đến đây du ngoạn miễn phí mỗi năm) và cho khách du lịch, vì bến tàu du lịch là rất gần. Lý tưởng nhất là các nhà chức trách mong đợi "hiệu ứng Bilbao" từ bảo tàng. Theo kế hoạch của họ, nó sẽ trở thành biểu tượng tương tự của thành phố Panama và quốc gia Panama, mà Nhà hát Opera của Utson đã trở thành biểu tượng cho Sydney và Australia.
